首先，以root用户SSH登陆VPS(或者服务器)，按照步骤输入以下代码(本教程以phpMyAdmin-4.2.10为例)。
#下载新版本源码
wget -O /usr/local/directadmin/scripts/packages/phpMyAdmin-4.2.10-all-languages.tar.gz http://dfn.dl.sourceforge.net/sourceforge/phpmyadmin/phpMyAdmin-4.2.10-all-languages.tar.gz
#解压到相应目录
tar xzf /usr/local/directadmin/scripts/packages/phpMyAdmin-4.2.10-all-languages.tar.gz -C /var/www/html
#修改配置文件名称
cp -f /var/www/html/phpMyAdmin-4.2.10-all-languages/config.sample.inc.php /var/www/html/phpMyAdmin-4.2.10-all-languages/config.inc.php
#写入配置
perl -pi -e "s#\['auth_type'\] = ‘cookie’#\['auth_type'\] = ‘http’#" /var/www/html/phpMyAdmin-4.2.10-all-languages/config.inc.php
perl -pi -e "s#\['extension'\] = ‘mysql’#\['extension'\] = ‘mysqli’#" /var/www/html/phpMyAdmin-4.2.10-all-languages/config.inc.php
#以上步骤修改权限
chown -f -R webapps:webapps /var/www/html/phpMyAdmin-4.2.10-all-languages
chmod -f 755 /var/www/html/phpMyAdmin-4.2.10-all-languages
//之前的版本还有一步
chmod 000 /var/www/html/phpMyAdmin-3.x.x-all-languages/scripts
现在4.2.10已经没这个目录了…
#删除原来的快捷方式
rm -f /var/www/html/phpMyAdmin
#新建快捷方式
ln -s /var/www/html/phpMyAdmin-4.2.10-all-languages /var/www/html/phpMyAdmin
好了，phpMyAdmin版本已经升级至4.0.0了，您可以尝试访问下，一般已经OK了。
如果访问提示403.运行
chown -R webapps:webapps /var/www/html
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